会计集中核算是在保持行政事业单位会计核算主体，资金使用权限，财务开支审批权不变的前提下，取消各单位在银行开设的账户，各单位所有财政性资金收入直接缴入财政专户，各单位所有支出由财政直接支付。会计核算结算中心统一管理、集中资金结算。会计集中核算使财政资金的使用由“暗箱操作”变为“阳光操作”，实现了财务机构的优化配置，提高了国家财政资金的利用率。但会计集中核算在运行模式、制度建设和监管措施等方面仍存在诸多问题，还存在着很多薄弱环节。分析研究这些问题，采取有力措施解决这些问题，对提高新时期行政事业单位财务管理水平具有重要意义。
一、实行会计集中核算背景下的行政事业单位财务管理存在的问题
(一)会计集中核算中心执行经费开支标准较难
实行集中核算，预算单位对资金支配权、财务审批权不变，到了会计核算中心，只能查看票据手续是否完备、是否规范合法。只要手续完备，票据合法有效，不管反映的经济内容是否真实，都必须入账报销。预算单位没有执行经费开支标准，或采取变通方式发放福利奖金或擅自提高开支标准，所以执行统一的经费开支标准较困难。
(二)会计集中核算中心履行财务管理职能较难
会计集中核算中心对行政事业单位财务进行集中核算，行政事业单位把财务管理的责任推给核算中心，放松自己的财务管理职责;报账员也只把单纯的报账作为自己的责任。而核算中心只负责核算，不能实地实时监督核算单位的财务运行，同时会计核算中心会计核算任务大，无精力参与管理，这种模式导致管理与核算分离，不利于核算单位的财务管理。
(三)第三方监督机制尚未全面建立
当前的会计集中核算制度，普遍存在会计集中核算与财务管理相脱节现象，无法保障财会工作效率和预算执行力度。这就需要建立第三方监督机制，审计、财政、税务、纪检监察等部门对预算单位没有形成监督的整体力量，不能经常性地对核算单位的资金来源与性质、具体业务与经济开支以及专项费用和款项流动情况进行监督，不能对会计集中核算中心的核算与管理职能的履行情况进行监督，不能最大限度地减少实行会计集中核算制度对行政事业单位财务管理所造成的负面影响。
(四)预算管理制度有待健全
预算管理制度不全面，政府对财政性资金收支没有全部纳入预算管理。行政事业单位现行资金有预算内资金和预算外资金，纳入会计集中核算中心的只有预算内资金，这就导致小金库、账外账现象的发生。部门预算编制粗糙，对缺失预算指标或超预算指标的支出经常发生，预算支出经常调整，预算管理随意性较大，制度不健全，约束力不够，执行不力。
二、加强行政事业单位会计集中核算下的财务管理措施
(一)明确会计集中核算的法律地位
新修订的`《会计法》没有涉及会计集中核算管理，所以国家应该依据新修订的《会计法》和财政管理体制改革实际情况尽快出台相关的法规文件，给会计集中核算一个合法性地位。明确规定被核算单位是被监督的主体，明确被核算单位具有资金所有权和使用权，也要承担违法违规行为的法律责任。同时相关部门要研究出台会计集中核算制度运行细则，以便会计集中核算能充分发挥会计管理和监督职能，保障会计集中核算制度规范有序运行。
(二)明确会计核算中心的监管职能
会计核算中心对行政事业单位财务进行核算，内容涵盖款项支付、资金收入、银行账号管理等。明确核算中心职责，从单纯核算方式转向核算与管理并行方式。会计核算中心要严把财务收支关，详细分析核算单位财务会计信息的真实性，监督各单位财务是否依法依规办事，监督收入来源是否合理，是否全部入账，是否存在漏报、少报或不报现象。监督支出结构、分析投资成本、预测风险效益，会计核算中心要着重预算执行信息的反馈和控制，从核算型向管理型转变，同时处理好监督和服务的关系。
(三)加强财务管理制度建设
行政事业单位要高度重视并加强预算管理，建立健全预算管理制度，在预算管理中，各部门要详细编制预算，扩大单位预算范围，充分考虑资金使用途径，增强预算科学合理性。预算单位要建立相互制约监督的内部控制制度，建立健全经济业务事项决策和监督制约等各项配套制度，提高财会信息质量。核算中心要建立内部财务牵制审核制度、财务收支审核制度、财务监管绩效考核制度等，切实负起对预算单位的财务监督管理责任，提高财务管理工作效率。要建立健全第三方监督长效机制，财政、审计、纪检监察等部门要齐抓共管、分工合作，切实加强预算单位和核算中心的内外部监督，确保行政事业单位会计集中核算取得预期实效。
