事业单位预算会计改革是一个漫长且复杂的过程，不仅需要理论上的不断丰富和完善，还要求多方面的协调配合，更需要宏观制度保障。
随着中国市场经济的不断发展，财经管理体系也在不断创新，事业单位的预算在执行与编制方面也在不断进步，运行预算会计的内外部环境也与之前大不相同。众所周知，预算管理是预算会计的关键所在，将社会主义的各项事业作为发展目标，将核算预算的收支为关键点，并将之运用于社会再生产中包括行政单位、各级职能部门、非营利机构等分配领域的资金预算活动和结果中来，而且还要作为事业单位会计数据预算编制的理论基础。所以，预算会计制度的革新是事业单位充分合理利用财政拨款等资金、合理有效的开展日常工作的前提保障。
一、当前事业单位预算会计制度存在问题
(一)无法适应投资制度改革
当前，市场化已经越来越深入到我国的事业单位投资和融资的制度中，并且中国事业单位在投资和融资方面的发展范围也越来越广泛。公共领域投资开放的程度越来越高，社会各界要求事业单位做出会计报告的准确性和真会性的要求也随之加大，一方面要求事业单位必须做出有一定可比性和参考性的会计信息，另一方面对这些成本的定价和核算由社会上的各界人士自行完成。中国的预算会计水平要随着世贸组织的加入而跟上世界发展的脚步，更要在全球化经济竞争中占有一席之地，这就要求政府部门必须加快办事效率，积极参与全球竞争，同时，事业单位也要将先进单位的管理措施应用到“为人民服务”的事业中来，例如，为了提高事业单位的管理效率，就要用权责发生制来代替被事业单位公共管理所淘汰的收付实现制，从而实现绩效的导向作用。
(二)会计与核算存在分离现象
在当前中国市场经济的推动下，一些像大型体育场等类型的事业单位，兼具有公共服务和自身经营的双重性，其收入也包括财政拨款和自营盈利两方面，其经济核算方式也是独立的。包括修购和医疗基金在内的专项基金，将直接被列为支出项目进行提取，借方以“事业支出”为由，记作设备购置费或者社会保障费，贷方则以“专用基金”为由。事业单位实际上可以以支出的形式处理发生的医疗和固定资产购置费用，而不用专用基金。假如年底，以“调节基金”的名义记录修购和医疗基金，将支出规模和结余做人为的控制调整，则事业单位的会计信息必然会失去真实性。当前，《国有建设单位会计制度》普遍被事业单位的基建会所采用，而《事业单位会计制度》又是事业单位的财务会计所采用的，由于采用的会计制度的不同，事业单位的基本建设借款就会受到影响，例如，有的单位将他们使用的基建借款放在基建账上，往来账的报表上显示不出借款的痕迹，在资产负债表来看，其单位的借入资金为零，如此一来，其会计信息也会失去真实性。
(三)预算会计报告系统存在缺陷
收入支出表与资产负债表构成了一个单位的会计报表。其中收入支出表的形态是动态的，一个单位在某一时间段内的收入和支出情况以及财产分配情况都由此体现，而资产负债表的形态主要是静态的，它体现的是特定时间段内，一个单位的财务情况。事业单位是在“资产+支出一负债+净资产+收入”的基础上编制资产负债表的，我们可以看出，其资产负债表中也体现除了收支状况，反映出来的信息也包括静态和动态两个形态，这完全脱离了以反映某一时间段内的财务状况为理论的基础，这样做出来的财务报表缺乏一定的合理性。在当前的预算制度下，负债、资产、基金以及支出和收入等项目都是目前事业单位的资产负债表中的内容，这些重叠的财务数据使得负债、资产和基金总金额出现虚增，使事业单位的财务状况得不到很好的体现。当前，中国的事业单位还缺乏健全的预算会计报告体制，设计制作预算报表的事业单位工作人员对自己单位的财务情况缺乏了解，其作出的会计报告不能全面完整的概括整个财务状况，获取财务信息的途径被束缚，如此一来，资金动向的情况不能完整的反映到事业单位的领导层，从而进一步限制事业单位整体运营管理工作的开展。
二、事业单位预算会计制度改革措施
