按照该定义，在通过电子商务进行的跨境交易中，商品或服务的提供方（以下简称为供应商）在收入来源国将不存在常设机构，因而也就无需向收入来源国纳税。其原因可以从以下三个方面进行分析：

　　首先，跨过电子商务交易通常是通过供应商设在收入来源国的某个服务器上的网站来进行的。在大多数情况下，存放供应商网页的服务器只是用于发布交易信息，而不是用于在线签署合同，符合“准备性质”和“辅助性质”的例外性要求，不能构成常设机构。[2]

　　其次，即便该网站的功能齐全，能够自动完成所有的交易，符合常设机构定义中“从事营业活动”的要求，但是网站是由电子数据构成的，可以轻易的修改和转移，并不属于传统意义上的物理存在。虽然服务器本身属于物理存在，可是拥有网站的供应商只是单纯地租借收入来源国的互联网服务提供商（ISP）的服务器的硬盘空间来存放自己的网站，而并未形成对服务器的实际支配关系，因此并不形成在收入来源国的物理存在，也不构成常设机构。[3]

　　最后，电信公司与ISP不受拥有网站的供应商支配，无权代表供应商签订合同，也无权代表供应商交付商品，因此不满足代理人的定义，也不能构成常设机构。

　　这种现状危害了税收的中性原则，使得具有相同本质的跨国经营活动因为交易方式的不同而承担了不同的税收成本，形成了对电子商务的隐性税收优惠。这种变相的激励促使跨国企业纷纷将业务转移到互联网上，以逃避对收入来源国本应承担的税收义务。这也是近年来电子商务飞速发展的原因之一。

　　二、对企业的居民身份认定标准的冲击

　　电子商务的兴起，不仅会对收入来源国的税收管辖权造成不利影响，也可能对居民身份国的税收管辖权造成不利影响。因为电子商务使得跨国公司的居民身份认定变得困难。跨国公司可以比以往更容易地改变居民身份，以便利用国际避税港或者通过滥用税收协定进行避税。

　　在各国现行税法中，对于法人居民身份的认定标准主要有以下几种：法人注册地标准、总机构所在地标准、管理和控制地标准、控股权标准、主要营业地标准等。中国税法对居民的认定采用了注册地和总机构所在地双重标准。《中华人民共和国涉外企业所得税法实施细则》第5条规定，具备中国法人资格的企业和不具备中国法人资格但总机构设在中国境内的企业，均为中国的居民纳税人。[1]

　　随着电子商务的兴起，远程办公和在线交易成为可能，物理空间上的集中不再成为公司经营管理上的必需要求。无论是出于实际经营的需要，还是处于避税的需要，跨国公司在全球的分布都趋于分散。集团内部的`各个子公司间的业务分工趋向垂直化，子公司表现得越来越像一个单独的业务部门，而不是一个完整的公司。即便分处各国，各公司的管理人员也可以通过互联网进行远程的实时沟通。在这种背景下，传统的总机构所在地标准、管理和控制地标准和主要营业地标准等依赖地理上的特征对法人居民身份进行判断的标准就逐渐失去了其本来存在的意义。电子商务的高效性、匿名性和无纸化的特点使得公司可以轻易地选择交易中商品所有权的转移地和劳务活动的提供地，将交易转移到税率较低的收入来源国进行。或者通过调整公司结构的分布，使自己获得本来不应拥有的居民身份，从而享受到某些税收协定中的税收优惠。

　　三、对传统的收入定性分类方法的冲击

　　电子商务的兴起使传统所得税法中对企业收入的定性分类变得困难。多数国家的税法对有形商品的销售、无形财产的使用和劳务的提供都进行了区分，并且制定了不同的课税规定。比如在中国，对销售利润的征税地是商品所有权发生转移或销售合同签订的地点，适用税率为17%的商品增值税；对劳务报酬的征税地是劳务的实际提供地，适用税率为5%的营业税；而特许权使用费的征收同样适用税率为5%的营业税，并适用预提33%所得税的规定。[4]

　　由于现代信息通讯技术的发展，书籍、报刊、音像制品等各种有形商品，计算机软件、专有技术等无形商品，以及各种咨询服务都可以被数据化处理并直接通过互联网传送，传统的按照交易标的性质和交易活动的形式来划分交易所得性质的税收规则。