(二)执行方式统一

　　预算绩效管理的核心就是绩效，因此在单位进行预算管理的过程中要全程将绩效作为重心，对其进行严格的管理与评价和审核。而内部控制为了更好的对事业单位进行管理，在单位进行经济活动时，要全方面地参与到决策制定、决策执行以及监督过程中。从这个角度上看，预算绩效管理和内部控制都是将对经济活动风险防范、目标执行控制和及时的监督作为管理的重点，注重流程的控制。

　　(三)都需要全员参与

　　预算绩效管理过程中需要所有的财务人员参与到其中。首先需要财务人员作出一定的预算目标，然后将目标下达到相应部门由各个部门进行执行，在这个过程中要有一定的绩效监督管理，最后还要有专门人员对绩效进行评价，从而做出合理的资金使用决策。而内部控制的实施也需要单位全体人员的参与，它是需要单位内部整体进行自我调整、约束、规划、评价以及控制的管理方法。因此在这方面内部控制与预算绩效管理是一样的。二者最终目标都是为了实现单位的经营目标和保证经济活动的规范性。

　　三、从内部控制角度分析行政事业单位预算绩效管理存在的问题

　　(一)单位工作人员对预算绩效管理认识不清

　　行政事业单位实行内部控制是为了保护单位资产的完整性，也是为了预防执行经济活动面临的风险，而预算绩效管理也是为了保证财务工作的有序进行，因此在单位内部预算绩效管理属于内部控制的管理范围，内部控制的活动会对其产生一定影响。但是在实际工作过程中，事业单位人员都不了解二者之间的关系，认为在进行财务预算管理之后，还要进行额外的绩效评价已经给他们增加了工作负担，又要实施内部控制对单位经济活动进行控制，这使得他们对自身的工作越来越厌烦，长期下来就使得他们对这两个管理制度失去信心，最终忽视管理流程，对单位的财务管理产生影响。另一方面工作人员没有充分认识到预算绩效管理的重要性，在进行绩效评价的时候只是粗略地审核，单纯地认为政府部门的经济活动又不追求经济利益。但这样长期下去也会导致单位的资金遭受损失。

　　(二)预算绩效管理不能与单位风险评估机制有机结合

　　事业单位为了保证经济活动执行的安全性一般都会建立一定的风险评估机制，使其对可能存在的风险进行评估和制定相应的预防计划。预算绩效管理的实施也是通过对绩效目标的追踪，收集其中的绩效数据对预算执行的实际情况进行分析，然后找出其中可能存在的风险，对其进行评估和预防。在这一方面预算绩效管理应该与风险评估机制有效结合，但是在实际工作中，预算绩效管理中的绩效评价与追踪却不能做到及时的信息反馈，通常都是在经济活动结束后才进行数据的采集，这使得预算绩效管理与风险评估机制失去衔接，不能有效的进行风险预测和预防工作。

　　(三)绩效评价工作不能遵从内部控制的要求

　　内部控制的实施深入到单位各个经济活动的每一个流程，从单位和业务两个方面都提出了一定的要求来预防风险。预算绩效管理也不例外。近年来，我国积极响应号召极大地改善了财务支出绩效评价体系，也制定了一系列的措施，例如政府单位想要进行一个经济活动，整个活动的流程分为项目决策、决策过程、决策程序，其中绩效管理贯穿于其整个过程。但是具体的项目指标却没有做出明确地说明，这使得内部控制也没有办法进行具体的控制活动。同时项目执行申报以及审批都没有与内部控制程序相结合，也就没办法确定项目资金具体使用情况和项目内容以及项目的可执行性。最终就无法判定可能风险存在性，导致绩效评价工作的执行和绩效评价结果的可靠性。

　　(四)预算绩效管理体系中信息技术的应用不够

　　单位的内部控制规范中强调信息技术的应用，将内部控制的具体流程和一些财务信息利用信息技术储存起来并设置一定的保密系统，可以有效确保经济活动信息的完整性和安全性，也避免了出现认为失误。但是由于发展水平限制，部分地区的预算绩效管理仍然使用较为落后的方式。在进行经济活动时大量的财务数据和申请报表依然采用打印、手工填写的方式，使得财务信息不能进行及时的反馈，不利于问题的解决。而且这样很容易出现大意错误，同时也降低了工作效率。