太炎先生所藏明吴有性撰《温疫论》二卷中，“太炎批语”第20则曰:“是论超卓，前无古人。然终不能知杂气为何物，则所拟方剂果则可信耶?”[7]309太炎先生在此首先肯定观点可嘉，但是对于其中所论杂气尚有质疑，所以对其所列方剂也产生质疑。太炎先生所发质疑，也许并不是针对观点本身提出的，而是为了“求是”。如果杂气论尚不清楚，那么整个方剂都会受到质疑。

　　太炎先生所藏宋尹洙撰《河南先生文集》二十七卷附录一卷中，“太炎批语”第1则曰:“自曹、马以来，立君不能辅而代其位者，何啻一世，独责陈氏，何也?”

　　[7]309太炎先生的质疑体现了对自己原有知识储备的自信和对所读文章记载的疑问，以历史史实拷问原文的不严谨之处，体现出太炎先生追求真实的严谨治学态度。

　　太炎先生所藏明唐顺之撰《唐荆川先生文集》十二卷外集三卷附录一卷补遗五卷中，“太炎批语”第1则曰:“奏议贵乎闲雅。朝廷尊儒，谓其有修己治人之实耳。言‘躬行’是矣，言‘妙悟’何居?”[7]427“太炎批语”第11则曰:“凡诸侯之邦交，岁相问也，殷相聘也，世相朝也，文见《周官》。何得云诸侯相与，‘有聘礼无朝礼’乎?”[7]433太炎先生对原文中的一些文字表述产生质疑，并给出自己参照的依据，可以说质疑批判要成理，必须有根有据。

　　太炎先生所藏清彭绍升撰《二林居集》二十四卷中，“太炎批语”第23则曰:“若上下神只，直一凡夫耳，向之谢过，何为乎?”[7]483“太炎批语”第34则曰:“汉高与雍齿有怨，未尝云齿有罪，此说何据?”[7]488“太炎批语”第44则曰:“‘不知天’、‘何以知人’，此语无根。”[7]494上述几条批语说明，有的与历史史实不符，有的推理不当，有的没有根据。太炎先生阅读时对文句的内涵和意义，时刻用“求是”的镜子来对照，发现问题，即使微小的瑕疵也不放过，这种质疑和批判的精神，是他学术精神中最核心的部分。

　　二、存疑

　　存疑，是指有疑问，暂时存而不论。太炎先生在阅读所藏书籍时，发现了一些疑问，但是受限于各种因素而无法释疑，所以保持存疑状态。提问体现了阅读过程中的批判性思维活动，对于疑而不解的问题，存疑本身就是对学术的一种尊重和敬畏。

　　太炎先生所藏清王先谦撰《前汉书补注》一百卷中，“太炎批语”第1则曰:“秦始皇二十四年灭秦。如皇甫谧说，高祖时年三十四矣。及壮，试吏，其时为楚为秦未可知。”[7]30“太炎批语”第3则曰:“《毛诗》乃通行隶写之本，故不数之，非于其传授存疑也。”[7]30太炎先生对原文中的一些历史表述产生怀疑，但是限于不能考证确定，所以存疑于此。

　　太炎先生所藏明王守仁撰《王文成公全书》三十八卷中，“太炎批语”第88则曰:“此语何据?”[7]365这一存疑的表达，是针对原文而提出“志于道”一章中的“艺者，义也，理之所宜者也”而提出。太炎先生因为不明白这个论断出自哪里，并且这句话的意义是否成立和可靠都是存有疑问的，所以发问“此语何据?”。纪昀《阅微草堂笔记》二十四卷中“太炎批语”第2则曰:“东原真有是言否?”[7]471太炎先生针对原文标明引用戴东原所讲的故事，产生疑问，但是无法求证，所以存疑于此。

　　三、指错

　　指错，是指出、指认错误之义。指错是根据已知的知识，对照并指出所读文本中的各种错误和问题，既是提出问题的过程，也是学术批判的过程。指错是需要很大勇气的，更需要扎实可靠的知识功底，否则何以敢指出错误，又何以能指出错误。

　　太炎先生在所藏戴震撰《毛郑诗考正》四卷中，“太炎批语”第4则曰:“戴君惑于三家、郑《笺》之说”，对于相关历史文献“忽焉不察，成三家、郑氏之谬，何哉?”[7]10对其中的错误，直接指出，并给予文献佐证。

　　太炎先生在所藏清张行孚撰《说文发疑》六卷中，“太炎批语”第8则曰:“此段论《雅》、《颂》之体甚核。然益见夏声之义不能括《雅》，《雅》又何必定为夏哉?”[7]17接着“太炎批语”第9则曰:“《雅》既专训夏，《颂》又何以有夏名?明明溷失，奈何看不着是旁义?况已言之，何用纠缠不已?”[7]17太炎先生从原文中发现自相矛盾之处，并指出其中的错误。